Pour un suivi rapproché des apprenants et des chercheurs, le Conseil Pédagogique, sous la supervision de son Président, le Recteur de l’Université, coordonne le processus de sélection des candidats et se réunit périodiquement pour faire un état de lieux des enseignements et de la recherche, planifier les stages et les séminaires, dont la semaine de la Science ou séminaires de renforcement de capacités des apprenants Master et Doctorants par des chercheurs tant nationaux qu’internationaux : WWF, ICRAF, WCS, ERAIFT, CIFOR, CIRAD, MRAC, etc. Il bénéficie de l’expertise d’un comité restreint de Professeurs pour les aspects techniques, administratifs et financiers . En plus de ce comité restreint, le Conseil est consolidé par les Professeurs des différentes Facultés concernées par le programme de formation, à savoir la Faculté des Sciences, Faculté de Gestion des Ressources Naturelles Renouvelables, Faculté de Sciences Sociales, Administratives et Politiques, Faculté de Droit et Faculté des Sciences Économiques et Gestion.
